Shimizu Lab

The Official Web Site for the Computational Biology Research Laboratory in Department of Computer Science and Engineering, Waseda University


近年,膨大な生命情報(特にゲノム配列)が得られるようになり,データ解析の効率化と高度化の必要性が非常に高まっています.本研究室では,ゲノム情報を中心とした,生命情報のデータ解析に必要な新技術の開発に取り組みます. より詳しい情報はこちらから.

We are working on computational biology with the special focus on developing efficient methods for genomic data analysis. See this page for more details.

Keywords: Computational biology, genomics, sequence analysis, next generation sequencing data, algorithms, data structure, machine learning, cryptographic protocol, privacy-preserving data mining

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News

プログラミングコンテスト

ゲノム配列解析を題材にしたプログラミングコンテストの案内です.

2021年の8月中旬から9月中旬にかけて,清水研のメンバーが運営に協力しているプログラミングコンテストが開催されます.ゲノム配列解析を題材にしたマラソン型のコンテストとなります.ぜひ奮ってご参加ください.

  • マラソン型プログラミングコンテスト・DNA配列解析チャレンジ ~アルゴリズムの力で生命科学の最先端に挑む!~
  • コンテスト期間:2021年8月中旬~9月中旬
  • 結果発表&入賞者講演:2021年9月29日(水)16:30 - 18:00(2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・一般公開セッション)
  • コンテストサイト:https://sites.google.com/view/genoconからアクセスしてください.

2021年度プロジェクト研究A

2021年度プロジェクト研究Aの履修案内です

清水研では生命情報の新しい解析方法を研究しています.
ゲノム解析,文字列検索アルゴリズム,プライバシ保護データマイニングを中心とした様々なテーマがあります.研究の進みは各人の取り組みに依存しますが,過去には学会発表まで達成したケースもあります.
ぜひ履修をご検討ください.(テーマの持ち込みも歓迎します.)

テーマ例:

  • 暗号やハードウェアセキュリティ技術を使って,ヒトゲノムデータのプライバシ保護解析アプリを開発してみよう.
  • 超高速文字列解析アルゴリズムを理解して実装してみよう.
  • ゲノム配列を解析してがんの原因遺伝子を推定してみよう.
  • 系統樹分析によってウィルスゲノムの進化を推定してみよう.

2021年度研究室配属個別面談,オープンハウス(プロ研A履修検討者も来場可)

2021年度研究室配属個別面談,および,オープンハウスの案内です

2021年度の研究室配属にあたって,以下のように個別面談とオープンハウスを実施します. 個別面談や,オープンハウスは,プロジェクト研究Aの履修者も参加できますので,お気軽にお越しください.

2020年度プロジェクト研究B

2020年度プロジェクト研究Bの履修案内です

清水研では生命情報の新しい解析方法を研究しています.
ゲノム解析,文字列検索アルゴリズム,プライバシ保護データマイニングを中心とした様々なテーマがあります.研究の進みは各人の取り組みに依存しますが,過去には学会発表まで達成したケースもあります.
ぜひ履修をご検討ください.(テーマの持ち込みも歓迎します.)

テーマ例:

  • 暗号やハードウェアセキュリティ技術を使って,ヒトゲノムデータのプライバシ保護解析アプリを開発してみよう.
  • 超高速文字列解析アルゴリズムを理解して実装してみよう.
  • ゲノム配列を解析してがんの原因遺伝子を推定してみよう.
  • 系統樹分析によってウィルスゲノムの進化を推定してみよう.

2020年度プロジェクト研究A

2020年度プロジェクト研究Aの履修案内です

清水研では生命情報の新しい解析方法を研究しています.
ゲノム解析,文字列検索アルゴリズム,プライバシ保護データマイニングを中心とした様々なテーマがあります.研究の進みは各人の取り組みに依存しますが,過去には学会発表まで達成したケースもあります.
ぜひ履修をご検討ください.(テーマの持ち込みも歓迎します.)

テーマ例:

  • 暗号やハードウェアセキュリティ技術を使って,ヒトゲノムデータのプライバシ保護解析アプリを開発してみよう.
  • 超高速文字列解析アルゴリズムを理解して実装してみよう.
  • ゲノム配列を解析してがんの原因遺伝子を推定してみよう.
  • 系統樹分析によってウィルスゲノムの進化を推定してみよう.

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