Shimizu Lab

The Official Web Site for the Computational Biology Research Laboratory in Department of Computer Science and Engineering, Waseda University


近年,膨大な生命情報(特にゲノム配列)が得られるようになり,データ解析の効率化と高度化の必要性が非常に高まっています.本研究室では,ゲノム情報を中心とした,生命情報のデータ解析に必要な新技術の開発に取り組みます. より詳しい情報はこちらから.

We are working on computational biology with the special focus on developing efficient methods for genomic data analysis. See this page for more details.

Keywords: Computational biology, genomics, sequence analysis, next generation sequencing data, algorithms, data structure, machine learning, cryptographic protocol, privacy-preserving data mining

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News

2021年度プロジェクト研究A

2021年度プロジェクト研究Aの履修案内です

清水研では生命情報の新しい解析方法を研究しています.
ゲノム解析,文字列検索アルゴリズム,プライバシ保護データマイニングを中心とした様々なテーマがあります.研究の進みは各人の取り組みに依存しますが,過去には学会発表まで達成したケースもあります.
ぜひ履修をご検討ください.(テーマの持ち込みも歓迎します.)

テーマ例:

  • 暗号やハードウェアセキュリティ技術を使って,ヒトゲノムデータのプライバシ保護解析アプリを開発してみよう.
  • 超高速文字列解析アルゴリズムを理解して実装してみよう.
  • ゲノム配列を解析してがんの原因遺伝子を推定してみよう.
  • 系統樹分析によってウィルスゲノムの進化を推定してみよう.

2021年度研究室配属個別面談,オープンハウス(プロ研A履修検討者も来場可)

2021年度研究室配属個別面談,および,オープンハウスの案内です

2021年度の研究室配属にあたって,以下のように個別面談とオープンハウスを実施します. 個別面談や,オープンハウスは,プロジェクト研究Aの履修者も参加できますので,お気軽にお越しください.

2020年度プロジェクト研究B

2020年度プロジェクト研究Bの履修案内です

清水研では生命情報の新しい解析方法を研究しています.
ゲノム解析,文字列検索アルゴリズム,プライバシ保護データマイニングを中心とした様々なテーマがあります.研究の進みは各人の取り組みに依存しますが,過去には学会発表まで達成したケースもあります.
ぜひ履修をご検討ください.(テーマの持ち込みも歓迎します.)

テーマ例:

  • 暗号やハードウェアセキュリティ技術を使って,ヒトゲノムデータのプライバシ保護解析アプリを開発してみよう.
  • 超高速文字列解析アルゴリズムを理解して実装してみよう.
  • ゲノム配列を解析してがんの原因遺伝子を推定してみよう.
  • 系統樹分析によってウィルスゲノムの進化を推定してみよう.

2020年度プロジェクト研究A

2020年度プロジェクト研究Aの履修案内です

清水研では生命情報の新しい解析方法を研究しています.
ゲノム解析,文字列検索アルゴリズム,プライバシ保護データマイニングを中心とした様々なテーマがあります.研究の進みは各人の取り組みに依存しますが,過去には学会発表まで達成したケースもあります.
ぜひ履修をご検討ください.(テーマの持ち込みも歓迎します.)

テーマ例:

  • 暗号やハードウェアセキュリティ技術を使って,ヒトゲノムデータのプライバシ保護解析アプリを開発してみよう.
  • 超高速文字列解析アルゴリズムを理解して実装してみよう.
  • ゲノム配列を解析してがんの原因遺伝子を推定してみよう.
  • 系統樹分析によってウィルスゲノムの進化を推定してみよう.

DSB2020@Renne

2/3-2/5にRenne(France)で開催されたData Structures in Bioinformatics(DSB2020)にて, M1山田が発表を行いました.
発表タイトル:”YATAK: novel reference-free detection of somatic structural variant based on graph-aware index”

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